Si inaugurano le secondarie (1888-1919)
I lavori delle Secondarie iniziarono contemporaneamente su tronchi differenti per ridurre i tempi di realizzazione dell'opera. Diciassette mesi dopo l'inizio dei lavori, il 15 febbraio 1888 vennero inaugurate la Cagliari-Isili e la Tempio-Luras-Monti la cui stazione SFSS venne costruita di fronte alla stazione delle Reali di Monti. Il 26 dicembre dello stesso anno vennero inaugurate la Macomer-Bosa ed il tratto Macomer-Tirso della linea che sarebbe dovuta arrivare sino al capoluogo barbaricino. Il 26 gennaio 1889 la Macomer-Nuoro raggiunse Orotelli ed il 6 febbraio venne completata l'intera linea.
Il primo marzo del 1889 si aprirono al pubblico la Sassari-Alghero mentre la Isili-Sorgono raggiunse Meana Sardo. Il 3 dicembre dello stesso anno venne completata l'intera Isili-Sorgono.
Contro ogni aspettativa i lavori si conclusero in anticipo sui tempi stabiliti dalla convenzione e la qualità delle opere realizzate non venne inficiata dai ridotti tempi di realizzazione. Tutto ciò fece passare in secondo piano le polemiche scaturite dal mancato affidamento dei lavori alla Compagnia Reale.
Il 10 febbraio 1891 venne inaugurata la Chilivani-Ozieri, primo breve tratto della più lunga e tortuosa Chilivani-Tirso. Questo tratto fu il primo che venne realizzato e riparò al malcontento degli abitanti di Ozieri che protestarono perché la linea delle Reali non raggiunse l'abitato di Ozieri ma si fermò nella sottostante piana di Chilivani. Sino al completamento della intera linea (che avvenne il primo aprile del 1893) la breve tratta svolse il ruolo di navetta per gli abitanti di Ozieri che si recavano alla stazione delle Reali di Chilivani. Con il completamento della Chilivani-Tirso nel 1893 si portò a compimento la dorsale centrale delle linee SFSS.
Nel gennaio del 1893 la Compagnia Reale realizzò un breve tronco di collegamento tra la stazione di Cagliari ed il porto, indispensabile per garantire un perfetto servizio merci nel capoluogo isolano.
Il 1893 fu per le Secondarie un anno impegnativo per il completamento di quella che venne considerata una vera e propria sfida progettuale e realizzativa: la Mandas-Arbatax. I lavori partirono dai due capolinea in modo da ridurre considerevolmente i tempi di realizzazione dell'opera. Il primo aprile vennero inaugurate le due estremità della linea, i tratti da Mandas a Nurri e quello da Gairo ad Arbatax,. Il 16 novembre il tratto di Mandas giunse a Villanovatulo e quello di Arbatax si spinse sino ad Ussassai. Lo stesso giorno venne inaugurata anche la breve diramazione Gairo-Jerzu. Contro ogni più rosea aspettativa, il 20 aprile del 1894, si aprì al pubblico la intera linea da Mandas ad Arbatax.
L'intera rete ferroviaria SFSS venne completata in pochissimo tempo, molte tratte perfino prima del periodo preventivato sia dalla convenzione che dagli stessi responsabili della società. I lavori procedettero alla straordinaria velocità di 300 metri di linea al giorno, veramente tanti se si considera la tortuosità dei tracciati e le innumerevoli opere d'arte che vennero realizzate. In quasi tutte le linee fu necessario realizzare opere d'arte importanti come ponti ad archi o a travata, gallerie e tratti in trincea. A lavori ultimati, le SFSS disponevano di 590 chilometri di rete ferroviaria, 159 dei quali nella sola Mandas-Arbatax, al giorno d'oggi la più lunga linea a scartamento ridotto presente in Europa.
Il 1° ottobre 1898 venne inaugurato l'ultimo tratto di linea ferrata gestita dalla Compagnia Reale, la Iglesias-Monteponi. Anche per questo breve tratto di soli 6 chilometri si dovettero aspettare parecchi anni se si considera che venne dato in concessione alle Reali nel 1886. Dodici anni per realizzare 6 chilometri, una media di 2 chilometri l'anno contro i 300 metri al giorno delle SFSS per linee ben più tortuose. Forse per questo motivo non venne data alle Reali la concessione per la realizzazione delle linee secondarie in Sardegna?
Le linee secondarie raggiunsero in breve tempo molte zone isolate della Sardegna ma anche questa volta qualcuno ebbe da lamentarsi. Toccava al Sulcis sentirsi abbandonato ed isolato dal progresso. Nel Sulcis erano presenti diverse linee minerarie private realizzate molto prima che la Compagnia Reale mettesse piede in Sardegna. Si trattava di ferrovie a scartamento ridotto realizzate per il trasporto dei minerali dalle varie miniere ai porti della costa sulcitana. La Pantaleo-Santadi-Porto Botte e la Monteponi-Portovesme furono le prime linee ferrate ad essere realizzate in Sardegna ed oltre a portare i materiali estratti dalle miniere, spesso trasportavano anche passeggeri. Appariva quindi necessaria la realizzazione di una rete ferroviaria ad uso passeggeri anche nel Sulcis.
Nel 1911 si diede inizio allo studio di fattibilità del progetto e vennero avanzate due proposte: il primo progetto prevedeva una diramazione delle Reali da Siliqua verso Santadi per poi proseguire sino a Sant'Antioco e Calasetta, il secondo progetto prevedeva una linea che partiva da Cagliari, raggiungeva Capoterra, Santadi e proseguiva per Sant'Antioco e Calasetta.
Nel frattempo il fermento ferroviario sardo non si fermò con lo studio di fattibilità delle linee sulcitane ma venne esteso anche al Sarcidano. Difatti il 21 marzo 1912 il Decreto Reale n. 684 affidava una concessione ferroviaria alla Società Ferrovie Complementari della Sardegna (SFCS) costituitasi l'anno prima a Milano. La società ebbe in concessione la costruzione e la gestione della Isili-Villacidro e la sua diramazione Ales-Villamar. Progetto e direzione dei lavori vennero affidati a tre ingegneri sardi: Stanislao e Dionigi Scano e Gracco Tronci.
L'11 dicembre 1914 si costituì a Busto Arsizio la Società Anonima Ferrovie Meridionali Sarde (FMS) che stipulò la convenzione con lo Stato il 20 aprile del 1915 "per la costruzione e l'esercizio delle linee a scartamento ridotto Siliqua-Calasetta e diramazione Iglesias-Palmas Suergiu" (che negli anni a venire cambiò il nome in San Giovanni Suergiu). Purtroppo lo scoppio della prima guerra mondiale impedì l'inizio dei lavori. Si riuscirono invece a completare prima dell'inizio della guerra le linee del Sarcidano; il 21 giugno del 1915 vennero inaugurate sia la Isili-Villacidro che la Ales-Villamar.
